要开启清籁岛沉船清籁丸底部的石洞，首先需要找到正确的入口位置。最直接的路径是传送到清籁岛左上角的破船处，在甲板上会发现四个带有指针的罗盘机关。根据旁边的提示，解密的关键在于旋转这些罗盘，使每个罗盘上较长的指针两两相对，最终排列成一个长方形图案。成功解开这个谜题后，侧面的一块木板会破碎，露出一个通往船舱内部的洞口，这是进入船体探索的第一步。除了这个主要入口，你也可以选择一条捷径，从清籁丸右侧山顶的一个地洞直接跳下去进入船底区域，但这会错过船舱内的一部分宝箱奖励。
进入船舱内部后，真正的解密才刚刚开始。在第一层，你会遇到一个地板符号谜题。地面上有多个格子，上面标记着不同的符号，你需要按照特定的顺序踩亮标记着相同符号的格子。当所有正确的格子都被点亮后，通往下一层的通道便会打开。来到第二层后，会面临一个类似的、但可能更复杂的符号谜题，同样需要你观察并激活正确的符号序列。成功解开第二层的谜题后，船尾方向会打开一个洞口，这是通往船底洞穴的关键，同时在这一层探索时，别忘了留意可能获得的锈蚀钥匙等关键道具。
你会获得一把完整的钥匙，这是开启船内一道关键铁门的重要物品。用这把钥匙打开铁门后，门内又是一个罗盘解谜房间，其解法与最初甲板上的类似，需要你将四个罗盘的指针调整至两两相对的状态。完成这个房间的解密后，通常可以获得宝箱奖励，有时还能发现雷神瞳。船舱内部的主要解密便告一段落，接下来就可以通过船尾打开的洞口，或者之前提到的山顶地洞，正式进入船底的石洞区域进行探索。
船底石洞内的核心谜题是一个继电石连接挑战。你需要在这个区域找到三块继电石，它们可能藏在碎石堆中，或者需要借助雷种子穿越雷元素屏障才能拿到。仔细观察洞内放电石和聚电石的位置，将继电石放置在它们之间的合适地点，确保金色的电流能够形成一个闭合的回路。当所有电路被正确连接后，山洞深处的铁栅栏门就会自动打开，里面通常藏有华丽的宝箱和其他奖励，这就标志着整个船底石洞的解密流程最终完成。
